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El general José Santos Zelaya López era un conspirador y estratega nato. Astutamente hizo una revolución liberal dentro de una conservadora para llegar al poder con transformaciones que consistían en reformas profundas para fundar un estado moderno.
Su educación vino del Instituto Nacional de Oriente donde se bachilleró a los 16 años y luego partió hacia Bélgica y Francia para efectuar estudios superiores en el Liceo Hoches de Versalles. Ahí aprendió mucho sobre ideas liberales, que a su regreso a Nicaragua, en 1875, pone en práctica convirtiéndose en un activista político que lo llevó a ser electo alcalde de Managua en 1883.
Diez años después, en 1893, Zelaya participó en la revolución conservadora del 28 de abril para derrocar al gobierno conservador del presidente Roberto Sacasa que pretendía reelegirse a un periodo más en el poder, provocando el descontento entre los mismos miembros de su partido y sus oponentes liberales.
Esta crisis política conservadora fue aprovechada por Zelaya para dar paso a su Revolución Liberal. Sacasa fue derrotado el 1 de junio de ese mismo año por la revolución conservadora. El 31 de julio las fuerzas beligerantes firmaron en Masaya el convenio que puso fin a los 35 años de gobiernos conservadores (1858-1893). Zelaya preside la junta liberal que derrocó a los conservadores. El 15 de septiembre es nombrado presidente provisional por la Constituyente y de esta manera asciende al poder durante 16 años.
Una vez establecido en el poder, José Santos Zelaya reformó la Constitución Política de Nicaragua con la Libérrima que contenía los principios ideológicos de las revoluciones liberales que habían triunfado en gran parte de Europa. A partir de ese momento empieza la transformación a un Estado moderno, dejando atrás los conceptos tradicionales de los gobiernos conservadores.
La Libérrima comprendía entre otras cosas garantizar un gobierno democrático, republicano y representativo. El Estado debía garantizar las libertades ciudadanas, como por ejemplo no ser arrestado sin orden judicial, no prisión por deudas, libertad religiosa, establecimiento del Estado laico, educación gratuita, abolición de la pena de muerte, matrimonio religioso hasta después del civil, divorcio permitido, secularización de los cementerios, libertad de prensa, respeto a la privacidad de la correspondencia, libertad económica, libertad de enseñanza, respeto a la propiedad privada y a la propiedad intelectual, no reelección.
En la parte económica la Revolución Liberal creció en infraestructuras al aumentar nuevas vías férreas, más ferrocarriles, expansión del telégrafo, compra de vapores, construcción de escuelas, mejoramiento de caminos y el establecimiento del Museo Nacional.
Fundó el Archivo General de la Nación, la reorganización de la Dirección General de Estadísticas y levantó un censo en 1906 e implementó un decreto en 1891 para establecer el sistema métrico. Todos estos cambios hicieron que el país tuviera un rápido crecimiento en el comercio exterior y mejorara la economía.
También destaca la incorporación de la Mosquitia a territorio nicaragüense que había estado bajo el protectorado inglés hasta 1894 cuando Zelaya nombró al general Rigoberto Cabezas Figueroa como inspector general de la Reserva Mosquitia.
El 12 de febrero de ese año, Cabezas tomó militarmente la ciudad de Bluefields donde se proclamó el histórico decreto de la incorporación a la soberanía nacional del territorio de la Mosquitia.
Zelaya fue un gran líder con reformas y leyes revolucionarias que sobre los años que se estableció de forma ilegal en el poder las traicionó, empezando con la reelección presidencial y convirtiéndose en un dictador que trató con mano dura a sus adversarios recentado cárcel, exilio y muerte. También tuvo profundas diferencias con la Iglesia católica a quienes les quitó poder dentro del Estado, los confiscó y los desterró.
En el camino perdió el norte y hasta los mismos liberales le adversaban en sus últimos años de su régimen. El 1 de diciembre de 1909 el Departamento de Estado de EE.UU. exigió la renuncia de un Zelaya convertido en dictador tras 16 años en el poder, a través de la famosa nota Knox, de lo contrario no lo dejarían salir del país y sería procesado y encarcelado.
El 22 de diciembre de 1909, el otrora poderoso general José Santos Zelaya, ya en el ocaso de su vida política renuncia a la Presidencia de Nicaragua ante la Asamblea Legislativa y la madrugada del 24 de diciembre abandona el país por el puerto de Corinto para ir a un exilio efímero a la ciudad de México.
Luego partió el 30 de enero de 1910 a Bélgica y en 1913 se estableció en la ciudad de Nueva York donde falleció en mayo de 1919 a los 63 años. Su cuerpo fue repatriado en octubre de 1930 ingresando por el puerto de Corinto, donde una vez salió para el exilio. Fue recibido con honores y sepultado en el clausurado Cementerio de San Pedro en Managua, junto a su padre y demás miembros de su familia.