Después de Guatemala, fue en la Provincia de Nicaragua donde se dieron los más importantes ensayos de educación superior durante el período colonial. El 15 de diciembre de 1680 se fundó en la ciudad de León, entonces capital de la Provincia, el Seminario Conciliar de San Ramón o Colegio Tridentino, destinado a formar el personal eclesiástico capaz de defender la ortodoxia católica frente a los avances del protestantismo. Las directivas del Concilio de Trento guiaron sus primeros pasos, es decir, nació con un espíritu de contrarreforma. Más tarde, los aires de la Ilustración borbónica trajeron a sus claustros afanes de superación científica e intelectual.
Entre los primeros pensadores que dieron origen a la vida universitaria en Nicaragua, cabe mencionar al obispo de León y rector de Seminario Conciliar de San Ramón Monseñor Fray José Antonio de la Huerta y Caso (1744-1803), uno de los obispos más ilustrados de su tiempo, quien introdujo en el Seminario la enseñanza de la medicina y el derecho en 1798, mediante cátedras costeadas por él.
Es hasta finales del siglo XVIII y comienzos del siguiente, que se observa en el Seminario la otra tendencia, la ilustrada, que fue esencial para la transformación del Seminario. Hacia 1803 ingresó al Seminario el estudiante Rafael Francisco Osejo, mestizo nacido en el barrio indígena de Sutiaba, quien sería uno de sus graduados más brillantes y promotor de los movimientos de independencia en Costa Rica, Honduras y El Salvador. Recién graduado, Osejo fue contratado por el ayuntamiento de San José, de la provincia de Costa Rica, para fundar la Casa de Enseñanza de Santo Tomás, germen de la Universidad de Santo Tomás, antecesora de la actual Universidad de Costa Rica.
En el período colonial, sobresalen como forjadores de la futura Universidad de León de Nicaragua, los dos presbíteros a cuyas gestiones se debió su fundación: el padre Rafael Agustín Ayesta (1750-1809) y el presbítero y doctor Tomás Ruiz (1777-1819), prócer revolucionario de la Independencia. Participó en la conjura del convento de Belén, lo que le valió siete años de encierro en las sórdidas cárceles coloniales.
En el año 1787, el padre Ayesta fue nombrado rector del Seminario Conciliar de San Ramón, cargo que desempeñó hasta su muerte en 1809. Con él se inicia la época más fecunda de esta institución, que bajo su dirección llegó a impartir una docena de cátedras. Es así que, desde 1799, Ayesta inicia las gestiones para que se otorgue al Seminario la facultad de conferir los grados menores y mayores. En 1802, el rector confiere amplios poderes a Diego José Borrero, —residente en Madrid— a fin de que haga ante el rey de España las gestiones conducentes a obtener para el Seminario la autorización legal necesaria para otorgar grados mayores y menores, evitando así a sus egresados el indispensable viaje a Guatemala, donde la Universidad de San Carlos de Guatemala era en esa época la única autorizada para conferir grados en Centroamérica.
Con fecha 20 de mayo de 1803, el rey de España expide en Aranjuez la cédula real por la cual se consulta a la Universidad de San Carlos de Guatemala sobre la solicitud presentada por el rector del Seminario, Pbro. Rafael Agustín Ayesta.
El 10 de noviembre de este mismo año, el rector de la Universidad de San Carlos de Guatemala, José Simeón Cañas, más tarde prócer de la Independencia y promotor de la abolición de la esclavitud en Centroamérica, firmó un dictamen favorable a la solicitud del Seminario, en vista de la sólida preparación académica de sus egresados. El padre Tomás Ruiz influyó en la aprobación del dictamen favorable. La Real Audiencia elevó al conocimiento de la Corona, con fecha 20 de octubre de 1804, el dictamen favorable de la Universidad de San Carlos de Guatemala. Por Real Decreto de 18 de agosto de 1806, y sobre la base del dictamen favorable de la Universidad de San Carlos de Guatemala, el rey de España, Carlos IV accedió parcialmente a lo solicitado por el Pbro. Ayesta, autorizando al Seminario conferir grados menores y ordenando “no hacer novedad por ahora, en cuanto al establecimiento de la Universidad”.
El 4 de julio de 1809, tras de haber desempeñado la rectoría del Seminario durante veintidós años consecutivos, muere el presbítero Rafael Agustín Ayesta, verdadero gestor de la Universidad quien, sin embargo, no pudo otorgamiento de los grados mayores. Si bien Ayesta ideológicamente estaba más cerca de las corrientes eclesiásticas tradicionales, su espíritu progresista y su visión acerca de la necesidad de formar sacerdotes y civiles mejor preparados, le movió a ser insistente en sus gestiones ante la Corona las que, respaldadas después por el obispo de León, Fray Nicolás García Jerez, finalmente dieron lugar al advenimiento de Universidad a la entonces provincia de Nicaragua.
El 10 de enero de 1812, las Cortes Generales y Extraordinarias reunidas en Cádiz, expidieron el decreto CXVI por el cual “se concede a la Provincia de Nicaragua que en su capital, la ciudad de León, el Seminario Conciliar se erigiese en Universidad con las mismas facultades que las demás de América”, quedando así fundada la Universidad de León, una de las más antiguas de la América hispana y la última creada por España durante el largo período colonial. La independencia de Centroamérica fue proclamada hasta el 15 de septiembre de 1821.
Por Decreto de 19 de agosto de 1813, las Cortes reglamentaron el Decreto CXVI de creación de la Universidad. En este decreto se mandan observar las Constituciones de la Real y Pontificia Universidad de San Carlos de Guatemala.
También puede considerarse como cofundador de la Universidad de León al obispo Fray Nicolás García Jerez (1746-1825), quien respaldó, en todo momento, las gestiones encaminadas a obtener el decreto de fundación y las que condujeron a su instalación definitiva el 24 de agosto de 1816. El obispo García Jerez presidió el acto y firmó el acta de fundación. También firmó el acta el doctor Nicolás Buitrago, antepasado de la ilustre familia Buitrago de León.
A principios del año 1821, el licenciado Miguel Larreynaga, antiguo profesor del Seminario de San Ramón, graduado en la Universidad de San Carlos de Guatemala, donó a la Universidad de León su selecta y valiosa biblioteca.
El autor fue rector de la Universidad Nacional Autónoma de Nicaragua en tres períodos (Noviembre 1964-marzo 1947)