Pese a que la Universidad de León comenzó a funcionar en 1816, tan solo cinco años antes de la declaración de la Independencia de Centroamérica (1821), lo cierto es que el espíritu colonial que presidió su fundación prevaleció en su quehacer durante las primeras décadas de su existencia. De esta manera, e igual a lo que sucedió con otras universidades de la América hispánica, siguió siendo “colonial fuera de la colonia”, según la feliz frase de Rodrigo Facio.
Su trayectoria se vio interrumpida, en numerosas oportunidades, como consecuencia de las vicisitudes de las luchas políticas, que en el caso de Nicaragua adquirieron contornos de singular violencia. Con todo, la institución subsistió y de ella egresaron los profesionales que tuvieron a su cargo la organización de la incipiente república.
El primer rector de la Universidad de León fue el presbítero Francisco Ayerdi, doctor en sagrados cánones, designado el 18 de abril de 1814 y posesionado el 2 de mayo del mismo año. El cargo de cancelario lo asumió el obispo Nicolás García Jerez. Para que la Universidad de León pudiera iniciar su funcionamiento se requería de diez doctores en su cuerpo docente, para lo cual se habilitó como doctores a varios graduados del Seminario San Ramón, nos informa Jorge E. Arellano en su Historia de la Universidad de León, Tomo I, 1973.
Al producirse la independencia en 1821, la Universidad sufrió su primera interrupción por falta de recursos económicos. Reabrió sus puertas gracias al esfuerzo personal del obispo García Jerez y del primer rector de la época independiente, el doctor Juan Francisco Aguilar, también el primer seglar que desempeñó este cargo.
El 4 de junio de 1822 los estudiantes tuvieron su primera participación en la política nicaragüense: una docena de ellos, apoyados por otros elementos, intentaron un movimiento armado para derrocar a las autoridades de la ciudad de León, que se habían pronunciado a favor de la anexión de Centroamérica al Imperio mexicano de Agustín Iturbide.
Las guerras civiles de 1824 y 1827 obligaron a la Universidad a cerrar sus puertas, que no se reabrieron sino hasta 1831. En 1869, el gobierno conservador del presidente Fernando Guzmán clausuró la Universidad y confiscó sus fondos como represalia por la participación de su exrector, el doctor y general Máximo Jerez, en un intento revolucionario de inspiración liberal. Los profesores se reunieron y decidieron crear la “Academia de Ciencias y Letras”, que continuó impartiendo clases. Más tarde, el mismo presidente Guzmán autorizó su reapertura con el nombre de “Academia Universitaria de Occidente y Septentrión”. En este período, los catedráticos con frecuencia daban gratuitamente sus clases en sus propias casas de habitación. En esta etapa sobresalen los nombres de Gregorio Juárez, José Núñez (graduado de médico en Chile), Liberato Cortés, Santiago Desiderio Pallais, José Camilo Gutiérrez, José Guerrero, Máximo, Remigio y
Rafael Jerez, Hermenegildo Zepeda, Basilio Salinas, Roberto Sacasa (graduado de médico en París) y Vicente Navas, entre otros. Varios de ellos llegaron a ser jefes de Estado o presidentes de la República. En 1879, el presidente Joaquín Zavala reorganizó la Academia en cuatro facultades: Ciencias y Letras, Derecho, Medicina y Farmacia y Ciencias Naturales. Se suprimió la Facultad de Teología.
En 1887, el presidente Evaristo Carazo, quien gobernó de 1887 a 1889, decretó el restablecimiento de la Universidad, siempre dentro del espíritu colonial, aunque incorporando algunos elementos del sistema francés, conocido también como napoleónico, que condujeron al predominio de las facultades, bajo la dirección de los decanos.
Durante un buen tiempo, después de la Independencia, en Centroamérica no existieron más que dos universidades, la de San Carlos de Guatemala y la de León de Nicaragua. A ellas debían acudir quienes quisieran obtener una educación de nivel superior. Fue precisamente en esas décadas (1820 a 1860) que la Universidad de León proyectó su benéfica influencia a los países vecinos: Costa Rica, Honduras y El Salvador.
En la Universidad de León obtuvo sus borlas de Doctor en Derecho Civil, Maestro de Artes y Doctor en Filosofía, el estadista costarricense José María Castro Madriz, quien siendo ministro general del presidente José María Alfaro dictó el decreto del 3 de mayo de 1843, que transformó la antigua Casa de Enseñanza de Santo Tomás en la Universidad de Santo Tomás, precursora de la actual Universidad de Costa Rica. El doctor Castro Madriz fue dos veces presidente de
Costa Rica y se le considera como el fundador intelectual y organizador del Estado de Costa Rica. De las aulas leonesas egresaron también el presbítero Juan de los Santos Madriz, primer rector de la Universidad de Santo Tomás de Costa Rica, los presidentes de dicho país Braulio Carrillo y Ascensión Esquivel y otros eminentes ciudadanos como Pedro Zeledón, fundador de los estudios del Derecho.
La Universidad de León graduó un gobernante de El Salvador, el licenciado Norberto Ramírez, quien también fue jefe de Estado en Nicaragua. En la Universidad de León se formó el padre José Trinidad Reyes, el célebre “padre Trino”, quien en 1845, en compañía de varios jóvenes también graduados en la Universidad de León, Yanaurio Jirón, Máximo Soto, Alejandro Flores, Miguel Antonio Rovelo y Pedro Chirinos, fundaron la “Sociedad del Genio Emprendedor y del Buen Gusto”, germen de la Academia que, en 1847, se transformó en la Universidad de Honduras por decreto dictado por el Jefe de Estado Juan Lindo, quien antes había fundado la Universidad de El Salvador (1841), donde también fue Jefe de Estado. El primer rector de la Universidad de Honduras fue el mismo padre José Trinidad Reyes.
Los años comprendidos entre 1887, fecha de la reapertura de la Universidad por el presidente Evaristo Carazo, uno de los jefes de Estado que en esa época más se preocupó por impulsar la educación del país, y 1909, los historiadores de la Universidad nicaragüense los consideran como los más fructíferos del siglo XIX, en cuanto a la formación de profesionales, que alcanzaron mucho prestigio en el país por la solidez de sus conocimientos. Varios de ellos incluso escribieron libros de texto que se utilizaron en la enseñanza superior hasta bien entrado el siglo XX.
Cabe mencionar así los nombres de Santiago Argüello (1871-1940), médico, poeta, humanista, autor de varias obras, entre ellas unas Lecciones de la literatura española, en tres volúmenes y Modernismo y modernistas, en dos. Buenaventura Selva (1820-1900), autor del texto Instituciones del Derecho Civil Nicaragüense (Managua, 1883); los doctores Bruno H. Buitrago, José Francisco Aguilar y Francisco Paniagua Prado, redactores del nuevo Código Civil y del de Procedimientos Civiles; los doctores Tomás Ayón (1820-1887), autor de la primera Historia de Nicaragua desde los tiempos más remotos hasta el año de 1856 (Granada, 1857), escrita por encargo del presidente Joaquín Zavala, y su hijo Alfonso Ayón (1858-1944), continuador de la obra histórica de su padre, que es un clásico de la historiografía nicaragüense.
El autor fue Rector de la Universidad Nacional Autónoma de Nicaragua en tres períodos (Noviembre 1964-marzo 1974).