Después de 12 días de enfrentamientos armados, posteriores al alzamiento zapatista, los indígenas lograron el primer diálogo nacional. Luego, entre 95 y 96 se elaboraron los Acuerdos de San Andrés, que establecían la lucha agraria, la lucha por el reconocimiento legal de los derechos de los indígenas y la construcción de estructuras de gobierno autónomo, señala Majo Siscar en el artículo Los zapatistas avanzan en silencio hacia la autonomía , donde se explica el funcionamiento de las comunidades del Ejército Zapatista de Liberación Nacional (EZLN).
Aunque pronto se quedaron en papel mojado, los Acuerdos son un documento de referencia y dieron visibilidad a los pueblos indígenas, dice Siscar. De esos Acuerdos salió el Congreso Nacional Indígena, que convirtió a los pueblos originarios en un actor político. Los zapatistas empezaron a llevar sus derechos y su autonomía por su cuenta. Si no había reconocimiento legal de sus necesidades y sus modos propios, los ejercerían en la práctica. Recuperaron miles de hectáreas de tierras a los caciques para trabajarlas ellos mismos. Y empezaron una política de fortalecimiento local. Para ello, la estructura militar cedió espacio a sus bases de apoyo, como se hacen llamar los zapatistas civiles.
Luego, explica la periodista, se organizaron en Municipios Autónomos Rebeldes Zapatistas, que estructuran los territorios que controlan y promueven el desarrollo local fuera de las leyes gubernamentales. Después establecieron cinco suprarregiones como centros de poder político y administrativo, los Caracoles.
Para 1998, señala Siscar, el EZLN controlaba 38 municipios autónomos en el centro y oriente de Chiapas y ya en 2003 existían cinco Juntas de Buen Gobierno (JBG), con autoridades que se relevan temporalmente y son elegidas por la propia comunidad. Estas juntas, subraya, son responsables de los proyectos, la administración y la impartición de justicia.
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