En San Miguelito, Río San Juan, desde 2009 la municipalidad ha distribuido 25,000 árboles de especies maderables como roble, para contribuir a la protección del ambiente.
Según la alcaldesa de este municipio, Ana Clemencia Ávalos, estos árboles son para reforestar las fuentes de agua, fincas y parcelas que han sido deforestadas.
En San Miguelito se encuentra un sistema de humedales donde habita el 37 por ciento de las especies de aves y fauna de Nicaragua.
La principal amenaza ambiental en el municipio es el despale y las quemas de pastizales.
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